Contador do Badge da Mac App Store não muda

Eu estava com um problema chato no Mac OS, Moutain Lion, como se nota pela imagem, o badge da Mac App Store estava mostrando uma quantidade grande de aplicativos que precisam

atualizar, quando eu clicava no botão de update, ele mostrava que estava atualizando, fazendo download e instalando, quando eu abri o programa, skitch por exemplo e verificava a versão, o mesmo ainda estava desatualizado. Ainda tinha a versão 2.4 enquanto a recente é a 2.5.
Então vamos as soluções.

Primeiro - desative a busca do spolight na sua outra partição

Não sei vocês mas eu tenho o Lion em outra partição, eu não quis fazer tudo do zero quando instalei o Moutain Lion, medida de segurança caso algo desse errado, era só rebootar e usar o outro sistema, fora que é mais fácil migrar aplicativos, certificados, etc.
O problema disso é que por padrão no Mountain o spotlight estava escaneando essa partição, assim aplicativos dela aparecem na busca e de alguma forma interferem na MAS, por isso mais de 50 atualizações aparecendo no app.
Indo no Preferencias do Mac eu desativei o scan nessa outra partição, fiz um teste adicionando somente a pasta Aplicativos e parece ter dado certo:

Fechei o aplicativo da MAS e melhorou bastante.

Segundo - para conseguir atualizar um aplicativo existente remova ele completamente

Eu tinha tentando atualizar alguns aplicativos depois disso mas não estava dando certo. Quando eu movia o ícone do app para a lixeira, o sistema me confirmava para remover mas magicamente o ícone voltava.

Baixei então o aplicativo AppCleaner, arrastei o ícone do programa no Launchpad para ele e notei outra coisa, de alguma forma o ícone no Launchpad estava apontado para uma versão que estava na outra partição, você pode nesse caso remover o app diretamente lá mas o melhor é usar o AppCleaner pois ele localizará outros arquivos associados.

Removido completamente então, fui no Launchpad, o ícone continuava lá, dessa vez arrastei de novo para a lixeira e ele sumiu de vez.

Fui na Mac App Store, procurei pelo app, no caso o Tweetdeck, novamente e em vez do botão Atualizar aparecer o botão para ser instalado.

Espero que a dica seja útil.